L'organisme responsable du FFP Forêt est l'Ortra Forêt Suisse. Le FFP Forêt est placé sous la surveillance du Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI).
L'organisation et les organes du FFP Forêt sont présentés dans l'Organigramme FFP Forêt (PDF 252 Ko). Les tâches et compétences des divers organes sont précisées dans le Règlement du Fonds ainsi que dans le Règlement d'exécution.